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Package update fails on a Plesk server: ERROR: Transaction test error: Index.xml from install of mysql-common conflicts with file from package MariaDB-common

Plesk for Linux kb: technical

Applicable to:

  • Plesk for Linux

Symptoms

  • System update via Plesk fails with the following error: 

    CONFIG_TEXT: 2025-11-26 03:29:52 ERROR: Transaction test error: file /usr/share/mysql/charsets/Index.xml from install of mysql-common-8.0.43-1.el9_6.x86_64 conflicts with file from package MariaDB-common-10.11.15-1.el9.x86_64

  • Plesk Email Security is installed on the server.
  • MariaDB is used as a database server:

    # mariadb -V
    mariadb  Ver 15.1 Distrib 10.5.29-MariaDB, for Linux (x86_64) using  EditLine wrapper

Cause

The package perl-DBD-MySQL is required by Amavis which comes with Plesk Email Security. In recent versions of perl-DBD-MySQL package, it now depends on mysql-libs package, which depends on mysql-common, and mysql-common conflicts with MariaDB-common.

Resolution

Remove the conflicting MySQL packages:

  1. Connect to your Plesk server via SSH.
  2. Start the removal of mysql-common package:

    # dnf remove mysql-common

  3. Verify that only the following packages are marked for removal: mysql-common, perl-DBD-MySQL, mysql-libs:

    CONFIG_TEXT: Dependencies resolved.
    ==================================================================
    Package                               Architecture          
    ==================================================================
    Removing:
    mysql-common                          x86_64          
    Removing dependent packages:
    perl-DBD-MySQL                        x86_64          
    Removing unused dependencies:
    mysql-libs                            x86_64                   
    Transaction Summary
    ===================================================================
    Remove  3 Packages

  4. Proceed with the removal.
  5. Once removed, update the system:

    # dnf update

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Comments

4 comments
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  • Thanks for sharing this detailed explanation! Locking the perl-DBD-MySQL package is a helpful workaround to avoid conflicts between MySQL and MariaDB packages on iq test free Plesk.

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  • This is a weird recommendation for Plesk to make because dnf remove mysql-common results in the attempted removal of a whole lot of Plesk packages:

     

    ==========================================================================================================================================================================================================                       [5/705]
    Package                                               Architecture                  Version                                                             Repository                                  Size                               
    ==========================================================================================================================================================================================================                              
    Removing:                                                                                                                                                                                                                               
    MariaDB-common                                        x86_64                        10.11.16-1.el9                                                      @mariadb-main                              324 k                               
    Removing dependent packages:                                                                                                                                                                                                            
    MariaDB-client                                        x86_64                        10.11.16-1.el9                                                      @mariadb-main                               91 M 
    MariaDB-server                                        x86_64                        10.11.16-1.el9                                                      @mariadb-main                              139 M 
    MariaDB-shared                                        x86_64                        10.11.16-1.el9                                                      @mariadb-main                              364 k 
    mod_passenger                                         x86_64                        1:6.1.2-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260415.1740                          @PLESK_18_0_77-dist                        913 k 
    passenger                                             x86_64                        1:6.1.2-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260415.1740                          @PLESK_18_0_77-dist                        9.9 M 
    passenger-devel                                       x86_64                        1:6.1.2-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260415.1740                          @PLESK_18_0_77-dist                        5.3 M 
    perl-DBD-MySQL                                        x86_64                        4.050-13.el9                                                        @appstream                                 364 k 
    plesk-awstats-configurator                            noarch                        18.0-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260415.1740                             @PLESK_18_0_77-dist                        235   
    plesk-backup-utilities                                x86_64                        18.0-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260415.1740                             @PLESK_18_0_77-dist                         21 M 
    plesk-completion                                      x86_64                        18.0-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260415.1740                             @PLESK_18_0_77-dist                        7.1 M 
    plesk-core                                            x86_64                        18.0-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260416.1554                             @PLESK_18_0_77-dist                         82 M 
    plesk-core-utilities                                  x86_64                        18.0-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260415.1740                             @PLESK_18_0_77-dist                        4.6 M
    plesk-git-http                                        x86_64                        18.0-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260415.1740                             @PLESK_18_0_77-dist                         17 k
    plesk-l10n                                            noarch                        18.0-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260415.1740                             @PLESK_18_0_77-dist                         58 M
    plesk-mail-mc-driver                                  x86_64                        18.0-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260415.1740                             @PLESK_18_0_77-dist                        139 k
    plesk-modsecurity-configurator                        noarch                        18.0-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260415.1740                             @PLESK_18_0_77-dist                        1.2 M
    plesk-repair-kit                                      x86_64                        18.0-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260415.1740                             @PLESK_18_0_77-dist                         18 M
    plesk-roundcube                                       noarch                        1.6.15-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260415.1740                           @PLESK_18_0_77-dist                         22 M
    plesk-service-node-utilities                          x86_64                        18.0-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260415.1740                             @PLESK_18_0_77-dist                         24 M
    plesk-task-manager                                    x86_64                        18.0-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260415.1740                             @PLESK_18_0_77-dist                         15 M
    plesk-web-hosting                                     x86_64                        18.0-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260415.1740                             @PLESK_18_0_77-dist                        301 k
    plesk-web-socket                                      x86_64                        18.0-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260415.1740                             @PLESK_18_0_77-dist                        806  
    pp18.0.68-bootstrapper                                x86_64                        18.0-2.redhat.9+p18.0.68.1+t250307.1051                             @PLESK_18_0_68-dist                        525 k
    pp18.0.69-bootstrapper                                x86_64                        18.0-2.redhat.9+p18.0.69.4+t250603.2043                             @PLESK_18_0_69-dist                        527 k
    pp18.0.70-bootstrapper                                x86_64                        18.0-2.redhat.9+p18.0.70.4+t250729.1643                             @PLESK_18_0_70-dist                        529 k 
    pp18.0.71-bootstrapper                                x86_64                        18.0-2.redhat.9+p18.0.71.2+t250725.1934                             @PLESK_18_0_71-dist                        530 k
    pp18.0.72-bootstrapper                                x86_64                        18.0-2.redhat.9+p18.0.72.3+t250915.0502                             @PLESK_18_0_72-dist                        530 k
    pp18.0.73-bootstrapper                                x86_64                        18.0-2.redhat.9+p18.0.73.4+t251114.1417                             @PLESK_18_0_73-dist                        532 k
    pp18.0.74-bootstrapper                                x86_64                        18.0-2.redhat.9+p18.0.74.3+t251204.1342                             @PLESK_18_0_74-dist                        533 k 
    pp18.0.75-bootstrapper                                x86_64                        18.0-2.redhat.9+p18.0.75.1+t260224.1154                             @PLESK_18_0_75-dist                        534 k
    pp18.0.76-bootstrapper                                x86_64                        18.0-2.redhat.9+p18.0.76.5+t260406.1134                             @PLESK_18_0_76-dist                        535 k
    pp18.0.77-bootstrapper                                x86_64                        18.0-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260415.1740                             @PLESK_18_0_77-dist                        535 k 
    psa                                                   x86_64                        18.0.77-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260415.1740                          @PLESK_18_0_77-dist                         75 k
    psa-libpam-plesk                                      x86_64                        18.0-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260415.1740                             @PLESK_18_0_77-dist                        796 k
    psa-libxml-proxy                                      x86_64                        2.9.12-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260415.1740                           @PLESK_18_0_77-dist                        2.2 M
    psa-locale-base-en-US                                 noarch                        18.0-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260415.1740                             @PLESK_18_0_77-dist                        1.7 M 
    psa-logrotate                                         x86_64                        3.22.0-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260415.1740                           @PLESK_18_0_77-dist                        182 k 
    psa-phpmyadmin                                        noarch                        5.2.3-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260415.1740                            @PLESK_18_0_77-dist                         56 M 
    psa-proftpd                                           x86_64                        1.3.9-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260415.1740                            @PLESK_18_0_77-dist                        8.4 M 
    psa-updates                                           noarch                        18.0-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260415.1740                             @PLESK_18_0_77-dist                          0   
    psa-vhost                                             noarch                        18.0-2.redhat.9+p18.0.77.2+t260415.1740                             @PLESK_18_0_77-dist                         42 k 

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  • You can edit /etc/yum.repos.d/almalinux-appstream.repo and add exclude=perl-DBD-MySQL under [appstream] - seems to do the trick.

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  • The free IQ test contains 32 questions divided across four reasoning areas. You select an answer for each question and, after completing the test, the system calculates an estimated score from your performance. Your result also includes a simple breakdown so you can see which types of questions were easier or more challenging for you.

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